с виртуалбоксом такого замечено не было, как вариант проверь пути к виртуальным машинам и их дискам
и еще вариан - может места нехватает для их сохранения ?
попробывай просто создать вирт машину, настроить и все сохранить, потом ее выключить и после запустить заново, потом выключить и выключить сам манагер вирт машин и попробовать запустить заново...
еще вариант - неуспевают сохраниться до завершения работы винды на хост машине... или винда сама некоорректно завершается и ничего не сохраняет...
бубен, самовар чаю и курить курить курить...
